Важливим елементом санаційного аудиту є аналіз виробничо-господарської діяльності підприємства на предмет відповідності фактичного стану даним, відображеним у санаційній концепції. У процесі аналізу виявляються також сильні та слабкі сторони виробничої сфери підприємства з тим, щоб виробити рекомендації щодо їхньої мобілізації чи усунення.
У ході аналізу виробничо-господарської діяльності аудитор проводить таку роботу:
1) вивчає загальну виробничу структуру підприємства;
2) оцінює рівень існуючої технології виробництва;
3) проводить аналіз виробничих витрат;
4) аналізує рух основних фондів та амортизаційних відрахувань;
5) оцінює показники праці.
6) Загальна виробнича структура підприємства. Під час вивчення загальної виробничої структури підприємства розв'язуються такі завдання:
- досліджуються головні техніко-економічні показники структурних підрозділів (обсяги виробництва, чисельність працівників, основні фонди, ФОП тощо);
- визначається кількість та місцезнаходження окремих структурних підрозділів, у тому числі допоміжних і обслуговуючих, оптимальність їхнього розташування;
- проводиться експертиза доцільності виділення (відокремлення) певних підрозділів у ході майбутньої реструктуризації (якщо така передбачається).
2) Оцінка рівня існуючої технології виробництва. Це завдання розв'язується за такими позиціями:
а) наявність сучасних передових технологій;
б) використання ноу-хау та власних інноваційних розробок;
в) використання автоматизованих систем управління.

У процесі аудиту звертається також увага на циклічність технологічних процесів та їхню безперервність; можливість повторного використання продуктів переробки (відходів); величину втрат сировини, матеріалів, готової продукції під час виробничого циклу, наявність науково-обґрунтованих норм виготовлення продукції, енер-гозатратність технологій, серійність виробництва.
3) Аналіз витрат на виробництво. У ході аналізу вивчається ефективність планування собівартості та проводиться факторний аналіз відхилень факту від плану. На підставі первинних бухгалтерських документів визначається сума витрат у собівартості продукції, не пов'язаних з виробничо-господарською діяльністю. При цьому аналізується фактична (у натуральному та вартісному виразі) наявність сировини, матеріалів, палива, покупних напівфабрикатів, інших товарно-матеріальних цінностей, які не мають відношення до виробництва продукції. На цій підставі розробляються рекомендації щодо їх дальшого використання, у тім числі продажу. Велика увага приділяється питанню правильності віднесення витрат на собівартість продукції та на валові витрати для цілей оподаткування. У разі порушення вимог Закону "Про оподаткування прибутку" в частині формування валових витрат, підприємство наражається на фінансові санкції.
4) Аналіз руху основних фондів та амортизаційних відрахувань. Досліджуючи це питання, слід виходити з того, що балансова вартість окремих майнових активів майже ніколи не дорівнює їх реальній ринковій ціні. Аудитор звертає увагу на основні фонди, що їх придбано, реалізовано, ліквідовано або здано в оренду протягом останніх періодів. Показники завантаженості основних фондів, зносу, матеріаломісткості та енергоємності, прогресивності технологічних процесів порівнюються з аналогічними показниками діяльності підприємств, найліпших у своїй галузі.
Слід перевірити правильність проведення та відображення у звітності таких, пов'язаних з рухом основних фондів операцій: індексація основних фондів; надходження та реалізація; ліквідація та інші види вибуття; ремонт та амортизація; інвентаризація.
Оцінка майнового стану підприємства проводиться на підставі дослідження таких показників: коефіцієнт зносу основних фондів; коефіцієнт оновлення; коефіцієнт вибуття; частка активної частини основних фондів у структурі основних фондів.
5) Аналіз показників праці. Виконуючи це завдання, аудитор досліджує динаміку чисельності працівників та рівня заробітної плати, обсяги прихованого безробіття, плинність кваліфікованих робітників та інженерно-технічних кадрів. З'ясовуються також причини, які призвели до втрат робочого часу (брак замовлень, сировини, утрата традиційних ринків збуту, висока ціна продукції, незадовільна робота обладнання, брак маркетингових досліджень тощо), робиться висновок про відповідність (невідповідність) кількості працівників потребам виробництва.
Аналізуючи господарську діяльність підприємства, можна скористатися "Методикою проведення аналізу фінансово-господарського стану неплатоспроможних підприємств", яку розроблено Агентством з питань запобігання банкрутству. Хоча на сьогоднішній день вказана методика є дещо застарілою.